Вопрос из серии: "я что-то нажала и все пропало, что делать?". Без инспекции этих сложных скриптов у вас ничего не выйдет.
Если я правильно понимаю, у вас проблема с конкурентным доступом к одним и тем же данным.
В принципе есть как минимум 2 относительно простых решения:
1. Контроль за счет блокировок. Грубо говоря 1ый скрипт перед началом работы с записью N "блокирует ее", записав в memcached / redis / или через GET_LOCK этот идентификатор, если получилось - продолжает выполнение, если не получилось - пытается заблокировать, либо берется за следующую запись.
2. Решение более специфическое, менее надежное, но более быстрое. Явно указать для первого скрипта: ты работаешь только с парными записями, а второму - с не парными.