1С-Битрикс в последних обновлениях (20+) провела масштабную работу по безопасности продукта, а так же изменению внутренних подсистем. Одним из таких шагов было изменение механизма хранения сессионных файлов и cookie, что не могло не повлиять на "старый добрый 'все работало раньше'".
Ошибка которую вы приводите возникает из-за cookie `PHPSESSID`, которое хранит идентификатор сессии залогиненного пользователя. Для любого сайта cookie это не просто пара ключ-значение, а чуть более сложный механизм включающий время действия и домен который его выдал. В общей практике этому ключу должно соответствовать лишь одно значение - то, которое выдал сайт.
Что же происходит после последних обновлений?
Для удобства рассмотрим некоторую компанию: company.org. Cookie может быть выдано несколькими способами: на конкретный домен и на доменную группу, причем доменная группа это все подсайты текущего сайта. Если Б24 находит на поддомене b24.company.org, то куки с названием `PHPSESSID` может быть выдана и b24.company.org и company.org, таким образом для сайта company.org не будет никаких проблем, в то время как для Б24 это создаст огромные проблемы. Соответственно чем меньше уровень домена, тем больше сайтов могут на нее повлиять. Например для: spb.b24.company.org это могут сделать аж 3 сайта (spb.b24.company.org, b24.company.org, company.org).
Что делать?
Есть несколько вариантов. Например самый простой из них:
1) Смоделировать ошибку
2) Открыть консоль разработчика в браузера, вкладку с cookie
3) Посмотреть кем выдано лишнее cookie (там могут встретиться 2 записи: ".b24.company.org" и ".company.org"). Лишние cookie, это cookie которые не имеют в своем домене непосредственно адреса портала. В приведенном примере это ".company.org"
4) Перенастроить сайт "company.org" таким образом, чтобы он не выдавал cookie на доменную группу или сменить название cookie переменной.
Способ намного сложнее: можно изменить параметр `session.name` на веб-сервере где находится Битрикс24 с значения `PHPSESSID` на что-то более уникальное и модифицировать часть подсистем Битрикс24 чтобы они использовали новое название. Однако этот пункт с очень большой звездочкой, поэтому рекомендую выбрать простой вариант.