Фундаментальное отличие Windows от Linux: разработчики винды считают юзера (даже админа) тупее системы (думаю, согласно статистике, они правы), разработчики линя - умнее (что наверняка тоже согласуется со статистикой). Поэтому когда вы запускаете команды из под рута, чётко понимайте какие последствия произойдут.
Я столько всего там настраивал, можно ли как-то переустановить образ но сохранить данные ( конфиги в etc, папку home и т.д )?
Сомневаюсь, что вы настроили что-то сложнее чем Nginx+php-fpm+почта+mysql+сертификаты+ssh. Опытный админ это сделает за полчаса, пятнадцать минут из которых у него будут работать автоматические скрипты развёртывания (или пять минут, если сервер шустрый).
Может можно отключить систему прав в Linux, я не до конца понимаю, как мне, например, залить файлы в папку wget'ом а редактировать через ftp. Мне можно как-то юзера FTP добавить в root группу?
Нельзя. Даже если бы такая возможность существовала. Она вам мешает, потому что вы её не знаете. Правильно настроенная система не требует постоянного изменения прав и работает прозрачно, помогая вам поддерживать уровень безопасности на должном уровне.
Конкретно по вашему проблеме с доступом: почитайте про юзеров и группы в линуксе.
По вашей ситуации: ничего не делайте сами! Наймите админа, который развернёт новую систему и корректно перенесёт данные, это не будет стоить дорого, уверен. Заплатите денег и получите правильно настроенную систему и, бонусом, хорошее знакомство с девопсом - это правильная инвестиция в ваше развитие.
На будущее:
- не используйте FTP
- читайте документацию
- экспериментируйте на виртуальной машине
