Алексей Пьянов

В идеальном мире этим должно заниматься как минимум 2-3 человека, каждый по своей специализации: админ серверный, админ/спец по базам которые вы используете и т.д.

В реальном мире это как правило делает 1 или 1.5 человека.
И нет, таких гайдов нет.
Потому что это все настраивается отдельно, не говоря про то что настроить конкретную базу на нормальную работу или сам сервер вещи вообще разные и требуют разных знаний.
Все гуглится и настраивается отдельно по мере необходимости.
А так же еще выбрать как правило всегда надо между несколькими решениями для одной задачи, т.к. вариантов настройки/софта вагон и маленькая тележка.

Давай так, котлеты отдельно - мухи отдельно. Твоя проблема это на самом деле две проблемы:
1. Нарушен режим сна. Это поправить легче всего. Вне зависимости от того во сколько ты ляжешь сегодня спать, встань завтра в 7:00, на следующий день повторить и зациклить. Первые два дня будет тяжело - потом все выправится.
2. Ты не умеешь в тайм-менеджмент, что в 21 веке как-то совсем прискорбно. Поправить это посложнее, но тоже реально. Списки дел, дневник, планирование дел на конкретные часы - все это фигня полная и в эпоху постмодернизма не работает. Все что тебе нужно сделать на первом этапе это прочесть книгу "Getting Things Done" Дэвида Аллена, она совсем небольшая и в ней есть все ответы. Прочесть можно за день, если штудировать то за 2-3.
P.S. Обязательно прочти "Семь навыков высокоэффективных людей" Стивена Р. Кови. Название может казаться пафосным, не обращай на этот факт внимания, книга просто маст рид.
P.P.S. Если после этого останутся вопросы - пиши, с удовольствием отвечу.

Бекап файла, который правишь (например, file.php.ORIG )и применение изменений внутри того, где правишь только для своего IP-адреса (чтобы отладить).
Затем, как всё готово - убираем условие (делаем для всех) и удаляем .ORIG-файлы.
Бекапы файлов - само собой делаем!

Как быть, если вдруг косячнули, или хост делает магическую непонятную хрень? (сталкивался как-то когда помогал товарищам. Правишь файл, заливаешь, все права на файл идентичны, а хост перестает его обрабатывать, сайт падает) Что делать в таких случаях?

Проверяете на пустом файле-болванке - это надо делать всегда перед началом любых работ!