Типичные места с проблемами:
- сессии, основанные доступе к файловой системе (по умолчанию);
- неоптимальные обращения к БД;
- длинные циклы (зачастую с обращениями к БД).
Поищите такие места в вашем скрипте, и далее как советовал
Yan-s : делаем замеры, вырезаем кусок, повторяем замеры.