У вас ведь диск размечен в GPT, и UEFI включён, верно? Вот из-за таких финтов, как у вас, я не люблю UEFI и GPT, и другим предлагаю не любить. В MBR всё сильно прозрачнее.
Попробуйте устранить проблему путём перехода с разметки GPT на разметку MBR. Всё делается, загрузившись с одного из популярных LiveDVD/LiveUSD, с помощью ремонтно-восстановительного пакета 2k10 (лично я пользуюсь сборкой
MultiBoot).
Сначала конвертируете GPT->MBR (парагоновским HDM). Затем сносите кучу миниатюрных системных разделов, оставив C и D (второй - для хранения пользовательских данных), пустое пространство присоединяете к ближайшим большим. В BIOSе выключаете UEFI (т.е. включаете CSM). И наконец, восстанавливаете загрузку утилитой BootICE, выбрав тип загрузчика самый последний (самый нижний в списке). Восстановителей загрузки в пакете 2k10 много, не поможет один - пробуете следующий, и до победного конца (у меня тоже не сразу получилось).