Ну коли я встрял в диспут, тоже ответ напишу.
Есть разные задачи, начиная от рабочей станции-десктопа и заканчивая разными серверными задачами.
Про десктоп писать не буду, ставите ЛЮБОЙ понравившийся дистрибутив с графической оболочкой по умолчанию - это и будет набор самого популярного ПО. Например я пишу с ноута с убунтой (ноут хороший, стильный и дорогой ультрабук асус ux391), все рабоатет как надо.
А вот дальше - все интереснее. Для небольших установок подойдет стандартный набор LAMP - Linux, Apache (Nginx), MySQL (PostgreSQL), PHP.
Для связи с виндовыми машинами - Samba.
FTP не ставьте никогда (!!!) - используйте ssh/sftp - они в стандартном наборе, это безопаснее и универсальнее.
Сейчас очень популярна контейнеризация типа Docker/LXC/Kyberners и виртуализация KVM/XEN. Что здесь лучше - не скажу, пользую и то и то. Для быстрых вещей - контейнеры, для разделения - KVM.
Базы разные и Mysql и Postgres, последний приятнее и может гораздо больше, но не все его могут, увы. Я же предпочитаю Redis/MongoDB/Kafka/Hbase/Elasticsearch но все под задачу.
Из вебсерверов предпочитаю Nginx, но есть продукты, которые заточены для работы с Apache.
Для настроек файрвола в каждом дистрибутиве есть генераторы правил - в убунте это ufw. Я же пользую firehol.
Спрашивайте - дополню список.
