В линухе по большей части используется не "наиболее популярное", а единственное в своем классе - так же как в винде. Поехали.
- файловый сервер (надо полагает имеется в виду расшаривание файлопомойки) - Samba. Причем the only, другие мне неизвестны.
- FTP - вот здесь есть выбор. Я предпочитаю proftpd. FTP рекомендуется использовать только в доверенном окружении, потому что там безопасность не ночевала даже.
- Что такое "сетевые службы" - непонятно, вопрос неконкретный
- СУБД есть две - mysql и postgresql. Первая как правило для веба, полегче и побыстрее, вторая - этакий Opensource Oracle - потолще, потяжелее, помедленее, но ворочает гигантские обьемы.
- Веб-сервер есть ровно один - apache. nginx, очень часть упоминаемый как альтернатива - это не веб-сервер. Это реверс-прокси, балансировщик и все что угодно, но построить полноценный сайт только на nginx невозможно. Впрочем, он и писался не для этого, хотя часть функционала веб-сервера он тащит, потому что обычно стоит на фронте.
- Почтовый сервер - почта бывает разная. Для smtp - sendmail/postfix/qmail, для IMAP - обычно dovecot, хотя возможно есть и другие.