Я даже не стал вникать в суть, просто посмотрел на код 30 секунд. Рекомендую почитать комментарии и последовать советам. И пожелаю удачи.

import discord
from discord.ext import commands
# У меня зрение -3,5, но использования этого я не увидел.
from pytube import YouTube

bot = commands.Bot(command_prefix="!")
# Все что, не закрыто иксами - можно узнать. А, что закрыто - секретно и ДОЛЖНО быть скрыто. А лучше вообще токен не показывать)
TOKEN = "Njc1MzUwNTkzOTIwODI3Mzk0.xxxxx.xxxxx-xxxxx"
yt_url = 'https://www.youtube.com/results?'
game = discord.Game("Krunker.io")

@bot.event # загрузка
async def on_ready():
    print("Bot was launched!")
    await bot.change_presence(activity=game)

@bot.command(pass_context=True)
async def music(ctx, channel):
    url = ctx.message.content # вернет что-то вроде "!music youtube.com/watch"
    url = url.strip('https://www.youtube.com/watch?v=naIKplXzxTY') # почитайте что делает strip()

    vc = await bot.connect() # "бот, подключись!", а куда не сказано.
    vc.play(discord.FFmpegPCMAudio(url)) # ссылка на HTML страницу... а нужно АУДИО поток, а не станица. библиотека не может догадаться, что от нее хотят.
    vc.is_playing() # почитайте про "if"
    vc.pause() # зачем останавливать поток
    vc.resume() # и включать ._.
    vc.stop() # а после останавливать

bot.run(TOKEN)

1. [класс User] я бы использовал названия "name" и "phone", все-же ясно что это.

2. [класс MyAdverts] ЗАЧЕМ? Можно сразу впихнуть в UserPersonalPage логику.

3. [класс AdvertFavorites], зачем? Эти методы в Advert впихнуть НАДО, это к тому классу относится.

4. [класс UserLoginLogoutService] Переименовать в UserAuthService хотяб. Или убрать методы в обычные функции. ООП ради ООП = зло.

5. [класс UserPersonalPage] Убрать "my" из названия методов. Оно ничего не несет, ведь ясно к чему оно относится.

6. [класс UserService] За такое я бы руки отбивал. Это все к объекту пользователя относится. Ведь user_service->changeUserName(user, "foo"); в разы хуже user->setName("foo");

7. Касается всего: зачем, к примеру называть метод "changeUserName" если можно просто "setName" или "setNickname" ну или "setUsername".

Прошу принять все серьезно и прочитать не между строк. Так вам же проще будет и всем кто ваш код использовать будет. Серьезно, чем проще тем лучше (ну, все-же упрощать не нужно вообще в максимум, в рамках разумного).

Попробуйте дебагеры, логирование а-ля "position 1", "position 2" после каждого существенного действия. Но это не на продакшен сервере естественно. Также вероятно это дыра в запросе в БД. Посмотрите, может там нет "LIMIT 1" какого-то.
Ведь очень похоже, что раз "mysql" кушает процессор и много-много памяти - значит очень тяжелый запрос, скорее всего "SELECT".
И 40 секунд скорее всего - максимальное время ответа что-ли, после веб сервер отдает 500 ошибку. Но в этом я не уверен. Может быть просто PHP падает от размера объекта.