есть только общая инструкция "смотреть логи". Что скрипт делает ? там по идее бесконечный цикл должен быть, и конкретно ваша 500ая ошибка от перегрузки. При том если вы пишете что грузит mysqld , значит... чую не те логи вы смотрите :) посмотрите что база делает в данный момент, к чему идут обращения. Далее смотреть какое место в коде вызывает зти запросы.