Используйте
https://xdebug.org/
и что-то, что умеет дебагать удаленно
https://xdebug.org/docs/remote
Настраиваете слушать локальный порт сервера, через
SSH пробрасываете порт на свой локальный комп, свою IDE настраиваете цепляться к локальному порту.
А ПОТОМ ПОШАГОВО ДЕБАГАЕТЕ.
Можете заодно спрофилировать скрипт, может сразу видно будет, если отсортировать по времени работы.
Благодаря тому, что порт XDEBUG наружу не торчит, обеспечивается хоть какая-то секьюрность. После завершения работ отключаете это расширение, потому что тормозов оно хоть и немного, но добавляет.
Включая своего внутреннего пророка предсказываю - это программист, долгое время писавший на чем-то типа битрикс, сделал запрос вида:
foreach ($results as $item) query("SELECT * FROM table WHERE ID={$item[id]}");
В идеале сделать копию данных, запустить у себя и мучить локально. Если совсем тяжело, то ... сервер все-равно нормально не работает...