Я так понимаю сначала идет сортировка по price1.value потом, там где совпали значения сортируем по price2.value
в этом случае можно их просто перечислить в ORDER BY
select p.name, price1.value, price2.value
from product p
join price price1 on p.id=price1.product_id
left join price price2 on p.id=price2.product_id
order by price1.value asc, price2.value asc
Правда тут одно но, при LEFT JOIN отсутствующие записи принимают значение NULL который при сортировке будет вверху