Зачем разные части одного проекта помещать в отдельные ветки? Кажется, у вас неправильное представление смысла веток, которые используется в Git'е. Ветка в этой DCVS -- это всего лишь указатель на состояние рабочего каталога. И реализовать Work Flow, описанный вами на ветках Git'а не то чтобы сложновато, но зачем и для чего мучить бедный Git, который при каждом
git checkout
будет вам разворачивать поддерево то одного проекта в ваш рабочий каталог, то другого. Это во-первых, жутко неоптимально с точки зрения той же производительности, а во-вторых вы так совсем запутаетесь, тем более раз вы ещё включили в рабочий процесс слияния между этими ветками. Конфликтов слияния и трудностей таким образом можно достигнуть множество. Пожалуйста, обратите внимание на работающие подходы, используемые для разработки с использованием Git:
Если в ваших частях проекта выражена очень разная функциональность, то можно создать два отдельных репозитория (к примеру, fronted и backend), а затем, при необходимости, соединить их в один Git-суперрепозиторий в качестве его подмодулей.
Если одна часть -- зависимость от другой, то следует подключить эту зависимость submodule'ем или вообще поддеревом (см. главу 6.7. из книги Скотта Чакона - Pro Git).
Если это всё же монолитный проект, имеющий две части, например, первая часть содержит реализацию логики приложения в "./src/core", а вторая -- пользовательский интерфейс в "./src/ui", то их и вовсе не нужно разделять.
