AntHTML

А с какого, простите, лешего Mikrotik-овский контроллер будет понимать логику и управление Cisco-точками и наоборот.
Система всегда строится на моновендоре (и то совместимых устройствах), ну или в спецификациях указываются поддерживаемые железки дружественного производителя.

Как монитор подключен?
Похоже скорее на хреновый VGA кабель или что подобное

GPT/MBR это просто разметка диска
сами диски увидятся любой системой, проблема может быть только в том что старый BIOS не понимает разметку GPT - соответственно не сможет найти на таком диске загрузчик и загрузить с него систему, в новых BIOS наоборот чаще всего режим Legasy по умолчанию отключен и без его включения BIOS может не распознать загрузчик на MBR.
А после проброса дисков в систему - это уже проблемы системы как и что на них читать.
Вот только поддержка GPT вроде появилась в 8/8.1, так что к win7 gpt диск может и не примонтироваться

RAID выбырается с определенной целью и вариантов тут вагон и две тележки:
Во первых RAID необходим только на высоконагруженных системах 0, 0Х, Х0 или на системах требующих безостановочной работы 1, 1Х, Х1 и тд. В остальных случаях достаточно бэкапов и синхронизации.
Во вторых смотрится на аппарат/программа: аппаратный не ест ресурсы системы, т.к. все операции выполняются на отдельном контроллере имеющим полную логику, но в случае полета контроллера, нужно иметь в запасе совместимый аналог, без него массив не оживить. Программный обрабатывает все на ресурсах системы, соответственно собрать его можно на любой системе, также как и восстановить.
Так что все зависит от конкретной ситуации. На "старенький сервер" обычно критические сервисы не выводят, так что вполне возможно хватит и регулярного бэкапа +/- простого программного массива (если он там действительно нужен, а не то что "сервер должен быть априоре с raid")

то после испытаний прототипа на Ардуине нужно делать уже собственную плату,

Правильно, только после создания платы ее тоже нужно несколько раз испытывать и доводить до ума

можно ли программировать микроконтроллеры на Java

Да на чем угодно, всеравно код потом компилируется в команды ассемблера и единственная проблема "как рационально компилятор переводит ваш код в машинные команды"

А вообще по правилам и технологиям разработки промышленных устройств не одна тонна макулатуры написана

Установка антивирусов это сугубо личный момент: кому как нравится/кто чего требует.
Мне допустим дома достаточно встроенного защитника + наметанный глаз куда не надо не лазать, всякую подозрительную хрень не качать
На работе по ИБ требуют сетевую систему Касперского
Кто-то считает Аваст или (упаси боже) 360Total верхом инфобезопасности, кто-то сидит на ESET/Доктор - сколько людей столько и мнений

Все будет зависить от того какой конкретно уровень централизации Вы хотите и сколько готовы на это потратить.
В одной базе 1С работают если нужен онлайн доступ ко всем данным, или нет денег/возможности/желания поднимать на каждой точке базу, а выгоднее всех держать в одной. Если устраиват обмен раз/два в смену, то можно и "работает не трожь".
С LED, ну поднимайте свой L2TP, настраивайте маршрутизацию так чтоб что Вам нужно уходило в тунель, что не нужно во внешку.
А так можно начать заморачиваться с резервированием каналов связи и т.д. но это выгодно только тогда когда нужно иметь онлайн доступ ко всем данным, в остальных случаях локально-распределенной базы вполне достаточно.

Мелкософт при регистрации на своих сайтах пишет, что подрузаммевает под общественными доменами только общеизвестные outlook, hotmail, gmail, yahoo и подобные, все остальное для них "рабочий домен"

Потому что есть требования кучи стандартов информационной безопасности которым должны соответствовать каналы связи и у шлюзов безопасности такие сертификаты имеются. А в государстве все должно быть своим, чтобы враги не влезли, а друзья оставались в тепле, отсюда и гослинукс и прочие поделки.
Тожесамое с требованиями по сертификации пограничного и общественного оборудования - wifi от mikrotik гораздо дешевле и современнее чем cisco - но в школе не поставишь - нет сертификата, e1/sip-шлюз от yealink тоже неплохо работает, но провайдер требует сертифицированную cisco

Поднять с ISP2_GW01 встречный L2TP до ISP1_GW02 и метриками разбросать приоритеты

Лет 10 назад для Win использовали NetOpSchool - выполнял все нужные требования, сейчас не знаю есть ли что по лучше/современней, давно с педагогикой не сталкивался.

п.1 инвентаризации - Не принимать в подотчет того что не видишь своими глазами
Остальное - проблемы бухгалтера по ОС
GLPI - система учета техники для админов, инвентаризация - темный омут бухгалтерии - у них в ихних 1С-ах существуют свои правила учета активов.
GLPI обычно паралленьно ведется админами "для себя" т.к. там основная цель это помощь админам, в нет нетц всяких бухгалтерских заморочек типо "перемещения ОС", "Ввод в эксплуатацию" и проч требований бухгалтерского учета

В принципе можно двумя подсетями разрулить
Пустить допустим 192.168.0.0/24 на локалку и 192.168.100.0/24 на только интернет
Но вторые компы в таком случае смотут видеть другдруга и если юзер поменяем ip-шник то сможет увидеть всех

Политика AD + политика KES + запрет в BIOS грузиться с чего либо кроме HDD + пароль на BIOS + стикер-пломба на крышку системника
Ну и пара приказов под роспись что нельзя пользоваться флешками и что за это будет при квартальном мониторинге логов.

Выставление пользовательского разрешения было актуально только на векторных ЭЛТ мониторах, где можно было управлять лучом, ЖКИ же поголовно растровые с постоянным разрешением
Кастомное разрешение сейчас применяется только для матричных сплиттеров и/или контроллеров LED панелей, для всего остального давно есть утвержденные и всем поддерживаемые стандарты

Как понимаю в вашей АТСке есть встроенная поддержка SIP 24/6, так что никаких проблем быть не должно
Если ip телефоны поддерживают 2 линии - можете одну регистрировать на адрес астериска, вторую панасоника.
Можете соединить их между собой транками и написать диалпланы маршрутизации из цифры в аналог и обратно
Все зависит от того что хочется реализовать в итоге