Алексей Уколов

Можно, используя скрытые чекбоксы, например.
Если не можете сделать самостоятельно - есть море плагинов, реализующих этот функционал.

Поток данных PHP to JS

if(isNaN(parseFloat(data))){
   anyPopupPlugin();
}

https://t4t5.github.io/sweetalert/

Это называется throttle / debounce. По этим ключевым словам гуглится множество реализаций, выбирайте какая понравится.
Вот, например: underscorejs.org/#throttle, underscorejs.org/#debounce

Если вам даже поддержка говорит, что это невозможно, значит нужно использовать внешние средства.
Я вижу два решения:
1. Написать расширение для браузера, которое будет везде выпиливать запретный функционал. Это ненадёжно - расширение могут просто выключить. Это сложно - скорее всего, браузеры используются разные, а какие-то вообще расширения не поддерживают.
2. Запретить закрытие сделок административно, подкрепив обоснованием такого запрета и санкциями в случае нарушения. Для контроля можно написать небольшой отчёт. Я с экосистемой AmoCRM не знаком, но мне кажется, что это должно реализовываться относительно просто.

Административное решение мне кажется самым разумным - оно требует минимальных вложений и его сложнее всего обойти.

Это свойство объекта, которое хранит ссылку на функцию-обработчик события (в данном случае - изменения атрибута модели).
В месте по ссылке оно используется только если вам нужно дополнительные опции передать при установке обработчика. Иначе можно просто функцию атрибуту модели присваивать.

Раз у вас связь многие ко многим, нужно делать отдельную таблицу, где будет храниться news_id, category_id.

var myIds = ['12', 13, '14'];

myIds.forEach(function (id) {
  $('.container').on('click', '#' + id, function(event) {});
});

PhpStorm умеет сворачивать блочные комментарии.

Собственно, на вопрос "почему" вы ответ вряд ли получите.
Ответ на вопрос "когда появятся" - очень очень не скоро, судя по текущей активности администрации.
Ответ на вопрос "что делать" вы и сами знаете.

Простыми словами, вам предлагается перенести весь js в конец страницы, чтобы весь контент сначала отреднерился, а уже потом обработался js.

Как добавить/удалить link в head? И возможно ли это вообще?