Многое сказал rPman, но я как человек выполнявший функции «читера» по просьбе разработчиков одной игры, попробую систематизировать.
1. Все проверки должны быть серверными, как бы плачевно это не отражалось на нагрузке, потому что любой JavaScript читерится за минуту в современном броузере. Для уменьшения нагрузки проверки можно и даже нужно дублировать на клиенте, но только дублировать.
2. Операции с покупками продажами и всяким расходованием ресурсов необходимо делать атомарными (единовременное списание и появление покупки/постройки/хзЧего), иначе можно зафорсить кучу зданий или юнитов, пока средства не списаны.
3. Все нововведения в уже появившуюся игру следует поначалу более подробно логировать.
Как правило самые гнусные читы находятся именно в новых возможностях игры.
4. Создать функцию, которая по каким то вам одному ведомым империческим параметрам характерезует суммарную скорость роста игрока за период и следить внимательно за лидерами.
5. Создать разумные инструменты автоматизации некоторых наиболее рутинных действий. Это позволит избежать рождения читеров среди особо ленивых разработчиков, которые решили играть у Вас.
6. Все действия игрока следует сопровождать идентификатором сессии(Я понимаю, что тут я КЭП, но все же), который стоит периодически подменять, не требуя повторной авторизации, если использование более старого идентификатора было не так давно.
7. Написать набор функций проверяющих наличия в базе нереальных значений. Например: в доме где максимум жильцов составляет 10 человек живет уже 236. Или суммарные затраты на содержание электростанции составляют -135 валюты. Это так же позволит обнаруживать особо наглых читеров.
8. Стоит контролировать скорость появления сущностей. Например, кто то может найти способ дублицировать вещь или юнита, но что бы его не запалили, он будет делать это на множестве аккаунтов, т.о. каждый отдельный аккаунт в выборку читеров не попадет, но резкий рост числа сущностей определенного типа, как бы намекнет.
Ну а вопрос шифрования оставлю на людей, более компетентных в этом вопросе.