Чтобы вам помочь по существу, информации откровенно не хватает.
Для ее получения, во-первых, надо анализировать журналы событий: какие там ошибки и предупреждения, во-вторых - логи IIS. У вас явно что-то с IIS. Запуск служб может не говорить ни о чем: например, вполне может не монтироваться БД (кажется, не ваш случай, но...).
EMS не работает по понятной причине - он тоже в норме через IIS работает. Но если надо - то можно из Powershell добраться напрямую к Exchange: импортировать в сессию нужный для этого модуль командой
Add-PSSnapin Microsoft.Exchange.Management.PowerShell.SnapIn
Запускать Powershell для этого надо пользователем, входящим (прямо или косвенно) в группы администраторрв леса и домена, где стоит Exchange, и администратора на самом Exchange, в режиме адинистратора.
PS Как мигрировали-то? Вопрос, потому что сценарии миграции для виртуализованного Exchange поддерживаются весьма относительно. В частности, миграции через сохранение состояния VM не поддерживаются. Live Migration на Hyper-V поддерживается, на других гипервизорах - надо смотреть.