Sanes

Я бы на вашем месте поискал бы лучше разработчиков с опытм. Вы же коммерцией хотите заняться, а не бложик с котиками открыть.
Всё, что вы описали в одной коробке, это только битрикс в редакции Большой бизнес вроде называется. Там и техподдержка и магазин с реферальной системой.

Заливаете новую версию поверх с заменой файлов и запускаете /setup/ Что может быть проще?

Раз
Два
Три

AltoCMS или Livestreet

Скачивайте базу и меняйте в текстовом редакторе (найти/заменить). Самый простой способ.

Битрикс

Экспертиза платная. Одноко вы можете попробовать выяснить самостоятельно.

Тем, что реализация и поддержка Магенто будет дороже, чем Битрикс.

MODX для простых сайтов и что-нибудь для магазинов, типа Битрикс/CS-Cart

Этому вас могут научить за пару месяцев в любом колл-центре. Если у вас в компании нет человека, способного провести обучение по тому, как выкручиваться в разных ситуациях, культуре речи и т.п. То проще отказаться от этой затеи, мотивируя тем, что можете только навредить общему делу.

Специализированого ничего нет. Только замените getResources на pdoResources. Collection можете посмотреть.

На любой. Это стандартная опция товара, как размер или цвет.

На Modx за день вам сделает более или менее продвинутый спец.

Modx+Tickets+HybridAuth

Modx. Это потому что я её хорошо знаю. А вы какую знаете?

Alto CMS