Да ничего там не изолирутся. Это условная изоляция и оверхед. Всё это есть в в ядре линукс. Докер лишь надстройка, как и LXD.
Откройте для себя Namespace, Userspace и Cgroups.
Для хранилища использовать отдельный сервер.
Желательно использовать объектное S3-подобное.
Например https://min.io/ или арендовать у хостеров типа AWS, Яндекс Облако, Selectel.