В общем и целом всё должно быть нормально.
Просто появится куча вопросов - как всё правильно оформить. Счета, акты, договоры - вот это вот всё.
Нужно будет вести бухгалтерию.
Когда один раз разберешься, настроишь все рабочие процессы, то дальше будет именно так - пришли деньги, приложил документ, заплатил налог и пользуешься спокойно.
Если всё ведёшь грамотно, то вопросы налоговой пугать не будут. Они могут что-то уточнять. Это обычное дело. Кошмарить никто не должен.