Софт можно засунуть в WinPE образ установки(boot.wim) - очень удобно - Видел такое в Win7 Beslam edition - из него выковыривал менюшку и делал образ с оригинальной виндой, но с модифицированной PE. Слишком увлекаться не стоит - так как он грузится в RAM диск. Утилит для перепаковки wim полно в инете.
Объединял все при помощи утилиты
www.pendrivelinux.com/yumi-multiboot-usb-creator в ручную добавлял Acronis утилиты.