Как осуществлять вывод средств пользователям со своего сайта?
Никак, это невозможно.
Сайт это всего лишь информация размещенная в сети. Денег у него нет.
Деньгами владеют лишь физические и юридические лица - только они могут передавать деньги друг-другу.
Предположим, что физическое лицо создало сайт, где продаёт какие-то полезности, например курсы. Этот вид деятельности определяется законом, как продажа интеллектуальной собственности. Для этого не нужно иметь ни ИП, ни лицензию образовательной организации.
Этот вид деятельности называется - предпринимательская деятельность - требует регистрации в качестве ИП или самозанятого.
Физическое лицо решает создать на своём сайте реферальную программу. Как ему осуществлять вывод средств партнёрам?
Платить деньги - с расчетного счета на счет, выплаты наличными.
Это может сделать физическое лицо или для этого нужно регестрироваться, как оргонизация?
Это может сделать и физическое лицо.
Как технически делать вывод?
Как угодно - можно сидеть и выдавать деньги, или нажимать кнопочки в личном кабинете платежной системы, или написать скрипт, который будет проводить платежи используя API платежной системы.
Как быть с налогами, можно ли вывести деньги партнёрам до оплаты налога?
Да.
Должен ли я предупреждать партнёров, что они должны заплатить налоги или это их личное дело?
Нет не должны.
Если ваши партнеры являются физлицами, и не зарегистрированы как ИП, то вы являетесь их налоговым агентом и обязаны исчислять, удерживать, и перечислять налоги в бюджет.