файлы на диске хранятся в разделе, относящемся к Linux системе, и доступ к ним я имею только посредством входа в нее. Просто так получить файлы или скопировать их содержимое без бута не получится.
Если вы имеете в виду какую-то несовместимость файловых систем, и диск с физической и логической точки зрения исправен, то с высокой вероятностью процесс можно упростить.
Вы можете подключить диск к компьютеру с Windows (только не инициализируйте и не форматируйте его), затем скачать на ту машину R.saver и получить доступ к данным:
https://rlab.ru/tools/rsaver.html
Программа бесплатная, установка не нужна. В режиме чтения (не восстановления) поддерживается очень большой список исправных файловых систем. Для Линукс это Ext2, Ext3, Ext4, ReiserFS, JFS, XFS, Btrfs.