При переустановке ОС он не может не удаляться, если только не заражен ueffi...(что достаточно сильно сложно сделать)
Записать флешку с ОС на чистом ПК, без вирусни, и установить с форматированием диска. Никакого руткита там не будет.
Насчет сим - это еще сложнее, чем ueffi, теоретически возможно, практически очень врят ли. разве что работал сам мобильный провайдер..