Drno

1. Самый простой вариант - стопнуть контейнеры, внести изменения, запустить по новой. Они запустятся с новым конфигом

2. Если контейнеры стандартные то изменения в них пишутся как и в обычную базу данных. Тоесть постоянно

Для чего собирается пк?

Видеокарты уже сильно устаревшая. Берите что то с памятью 4гб и выше. Лучше от 6гб
Оперативка в идеале должна идти 2мя планками. Тоесть 8гб х2шт
Диск - нужен ссд под систему. Обычный можете вторым ставить, для хранения инфы. И лучше от 1тб и обязательно 7200rpm
Блок питания - не берите Аэрокул. Рассмотрите термалтейк, FSP

Ну и монитор - по мне так он маловат... я за 23”

ну через эксплорер то точно не заработает... пробуйте через портабл моззилу к примеру.
и наверняка надо будет корн сертификаты обновить

Это не тонкость. Вы подключили 2 микрофона, вот и всё

У хетзнера же огромная вики... там всё есть. И про это тоже.
А вообще Вам уже правильно написали про режим Rescue.
А подключаться как обычно... по ssh
Фтп уже потом сами поднимите. Или будете заходить по sFtp