Но это такое убожество что я толком ничерта не понимаю
Не надо путать причину и следствие. Причина - это что ты ни хрена не понимаешь. А следствие - оно тебе кажется убожеством.
offtopВ скобках отмечу, что если ты не только ни хрена не понимаешь, но и жалуешься на это, и считаешь это достаточным обоснованием того, чтобы назвать убожеством - то ты и не хочешь понимать, и не пытаешься понять. В смысле не пытаешься по-настоящему, прочтение пары страниц из мануала под этот термин не проходит.
отличаются ли запросы sql MSSQL от Mysql
Да. Точнее, самые простейшие базовые запросы могут выглядеть одинаково. Но не более, чуть только хоть какая-то сложность, и одинаковость заканчивается. Синтаксис различается, и весьма сильно. А кое-где даже подходы к решению задачи различаются, и код с одной СУБД на другую не адаптируется совсем - только полное переписывание.
возможно ли сменить БД без нарушения функциональности софта.
Если запросы хардкодом - крайне маловероятно. Если тексты запросов - ресурс, вероятность несколько выше. Если вся лигика находится на сервере, общение с ним выполняется исключительно обращением к представлениям и вызовом процедур, а само приложение является чистым интерфейсом - скорее всего возможно.