Использовать стандартную двумерную декартову систему координат. Единственная особенность, есть запрещенные положения.
Плюсы
1) Это понятно и естественно. Даже запрещенные состояния есть в нашем мире (При́нцип Па́ули).
2) Расстояние вычисляется по формуле = sqrt( (x1-x0) ^ 2 + (y1-y0) ^ 2 )
3) Если x1!=x0 и y1!=y0, значит это различные координаты (в отличии от трехкомпонентной системы)