Как это сделать правильно если я ИП?Составьте договор с партнером, и все дела.
Не будет ли выплата ему расценена как некая форма отката или взятки?Это не ваши проблемы.
Как я смогу делать выплаты физ лицам?Да как угодно, например просто переводить деньги на указанный физлицом счет или карту.