К тому же, в идеале хочется иметь инкрементальные бекапы - т.е. один раз скопировать всю папку, а потом досылать только свежие изменения.
Есть много разных способов.
Вот один из них -
zpaq
- сжатие, дедупликация, инкременты.
И что очень полезно и есть не у всех - индексный файл имеющихся блоков.
Т.е двухтеррабайтный архив у вас лежит где-то там далеко, а индексный файл этого архива размером в десяток мегабайт лежит рядом, с данными, и по нему формируется сжатый, дедуплицированный инкремент.