Как платить будет заказчик - это не ваш вопрос.
Тут Upwork берет все на себя.
Как вы будете правильно выводить деньги с Upwork....
Если все строго по закону - то только на банковский счет.
Сходите в свой банк, обсудите с ним вопрос валютного контроля.
Деньги выводятся не с каждой работы,
их можно копить.
Но не очень долго.
Но можно.
При интенсивной работе - вообще никаких маленьких сумм вам опасаться не нужно.
б) можно ли легально использовать PayPal и Payoneer в России для расчета с зарубежными заказчиками?
Только в частном порядке.
Для нерегулярных заработков - можно.
Но не более.