Как и в какой стране зарегистрировать компанию (web сервис)?
Для начала нужно определится в какой стране, после чего изучить законодательство этой страны, и станет ясно как это сделать.
Сложно нынче вести дела в рунете
Ничуть не сложнее и не легче чем в других местах.
удручает, что не ясна линия партии по поводу педпренимательства в фере IT
Не знаю зачем вам потребовалась линия партии, и какой именно партии. Есть законодательство, там все четко сказано, что можно, чего нельзя.
как извернуться чтобы принимать платежи в России
А не надо изворачиваться, и все будет просто. Берете и принимаете, способов множество.
Что вы собрались лицензировать и патентовать непонятно.
Если не будете нарушать закон - не будет и штрафов.