У вас есть доступ в BIOS?
Если да, то есть ли там опция отключения того интерфейса, к которому подключен диск с Linux?
С предварительным отключением системного диска вероятность оставления следов заметно снижается. Дополнительно она снизится, если на основном диске нет поддерживаемых Windows файловых систем.
Но при этом да, лучше всё равно следить за тем, чтобы Виндоус не пыталась ничего инициализировать, форматировать, проверять (checkdisk) и т.п.
Также не очень ясна квалификация и набор инструментов у тех, кто будет искать следы. Серьёзный специалист по forensic может и копнуть тоже глубоко.