Нет, разницы нет никакой. Иконка в трее — это по сути такая же кнопка как и на панели задач. Просто маленькая и без текста рядом. На работу приложения это не влияет никак. На процессор и занимаемый объём памяти приложением это тоже не влияет. Рекомендация в вашем случае простая: нарастить объём оперативной памяти.