1. Встраивают интерпретатор нужного языка, при необходимости урезают стандартную библиотеку (чтобы не давать коду плагинов лишних возможностей) и подсовывают туда средства общения с хост-программой.
2. Если нет нужды изолировать плагин от остальной программы, то полагаю что да, накладные расходы на поддержку плагинов уменьшатся в случае, когда плагин написан на том же языке, что и программа. В противном случае организация "песочницы" может занять столько же усилий, сколько встраивание интерпретатора.
3. Лучше, если язык плагина является или интерпретируемым (как Lua или JS), или компилируется в байткод (как Python/Java/C#). Также желательно, чтобы язык плагина имел средства интроспекции.