Для начала, я бы посоветовал поехать и одному человеку, который будет работать (ну или вдвоём, если случилось чудо, что муж и жена оба программисты), снять квартиру на месяц-два, походить по собеседованиям и посмотреть город. Спрос на программистов в Спб огромный, т.ч. надо быть очень ленивым, чтобы за месяц не найти работу. Можно и удалённо поискать, но если вы уже на месте, то процесс просто быстрее пойдёт.
Компании есть везде, вопрос в том, где будет та, которая вас устроит. Но этого нельзя сказать, пока вы не нашли её.
Если снимать квартиру, что наверно лучше делать в любом случае первый год, даже если собираетесь потом покупать (банально посмотреть на город и определиться самостоятельно, чего вы хотите, с людьми на работе поговорить опять же). То рекомендую варианты, до которых 15-20 минут на метро (ну или пешком). Во всех остальных случаях будете стоять в пробках, ну или начинать и заканчивать работу в нестандартное время (что, в принципе, не проблема). Тех людей, которые живут в Спб и тратят по полтора-два часа в день на дорогу до работы, я никогда не понимал.
Моё мнение по поводу районов. Хорош Приморский район (в целом, но там есть унылые места), Петроградский район и район у метро Чернышевская. Есть и другие хорошие районы, но мне больше всего эти нравятся. Ни в коем случае не покупайте и не снимайте квартиру в некоторых гетто-районах Спб, например Девяткино. Можете почитать о них у Варламова. Я жил в Спб, бывал в этих районах, и подтверждаю, что он пишет правду.