Василий Банников

Таких как правило нет.

Почему:
1. писать сложные вещи на нативном js = писать либо костыли(если вы конечно не гуру языка, и знаете паттерны построения сложного приложения), либо думать головой и подключать библиотеку или фреймворк, где 20 умных людей уже предугадали 90% поведенческих факторов.
2. Второе вытекает из первого, как правило это очень дорого в продакшене, и стоимость скорее всего не окупит себя по 2м причинам = выставив дорогую цену(новичок не купит, либо купив сделает рефаунд - т.к не поймет), а профессионал скорее всего не купит - он с этим сталкивается на работе, а курсы предпологают новичков.

Выход: заходить на гитхаб, искать ванильные приложения написанные на js, и по коммитам разбирать историю создания приложения.

Попробуй вот эти бесплатные интерактивные онлайн-курсы по программированию.

Основы программирования на примере C#. Часть 1
Основы программирования на примере C#. Часть 2

Для эмуляции браузера в "невидимом режиме" используйте CefSharp.OffScreen.
Для эмуляции нажатия используйте SendMouseClickEvent

не пойму на что ругается

Там же красным по фиолетовому написано "permission denied"
Либо нет прав на запуск, либо не от того пользователя запускаете, etc...

Ведь опытные программисты укладываются в набор команд 8086

Нет. Лет 30 уже никто не пытается уложиться в 8086. Наоборот, если уж берутся писать на ассемблере, то часто с целью использования каких-то железо-зависимых вещей.

Как и программы на Си, программы на Ассемблере нужно пересобирать под каждую следующую платформу. Разве нет?

Что вы вкладываете в слова "новая платформа"?
Другая ОС? - да, надо пересобирать, и часто менять, ведь API разных ОС отличается. При этом C часто позволяет исходный код программы не трогать, т.к. функции стандартной библиотеки, POSIX API предоставляют платформонезависимый интерфейс. А вот в программе на asm соответствующий код придется переписать.

Новая версия ОС? - здесь есть свои нюансы, но собранная статически программа обычно прекрасно работает на протяжении многих поколений ОС (вы же не загружаете новую версию, допустим, игры под каждую версию Windows? Взять вон diablo 2 - как работала она под Win 98, так же отлично тот же бинарник заведется в Win 10).

Новый процессор? - эти вообще паталогически обратно совместимы. Код, написанный или скомпилированный чисто под 30-летний 386 будет работать на i9 (при условии совместимости по пунктам выше).

Возвращаясь к первоначальному вопросу: вы, видимо, не понимаете или не придаете значения тому, что существуют не только x86 процессоры. Изначально ЯП высокого уровня разрабатывались именно с целью абстагировать код программы от конкретного железа. В 60-80-е годы не было единой и даже какой-то одной распространенной железной платформы, что же прикажете, допустим, стандартные утилиты Unix переписывать каждый раз с начала и до конца на новом (подчеркну, НОВОМ, другом) ассемблере?
Даже сейчас, когда вроде бы кругом x86, есть Itanium (ну ок, был в недавнем прошлом), ARM (в виде нескольких версий архитектуры и огромном количестве железных воплощений), где-то теплятся SPARC и PowerISA. Наконец, микроконтроллеры (привет ардуинщикам).

Коротко: ЯП высокого уровня (не только C) позволяются абстагироваться (до определенных пределов) от железа и от ОС и не менять исходный код программ при переносе на другую платформу, ограничиваясь механической процедурой перекомпиляции.

Зачем считывать файл через Scanner?

С помощью класса Scanner вы можете читать данные из файла точно так же, как и с помощью BufferedReader'а, BufferedInputStream'а и других классов, способных читать файловые данные. Почему же здесь использовали Scanner известно только тому, кто написал этот класс, потому что есть более подходящие классы для подобных операций.

Зачем использовать цикл? нельзя взять и всю прочитать без цикла?

Поскольку это универесальный класс и в реальной рабочей ситуации вы бы не знали, файлы какого размера будут читать с помощью этого метода, гораздо лучше использовать циклы и читать файл построчно. Вы можете прочитать файл целиком, но на больших файлах это будет работать ужасно медленно.

Зачем строке происваевать данные файла?

В переменной fromJson мы сохраняем прочитанные данные, а поскольку JSON представляет собой обычный набор текста, то использование типа String более чем подходит для этой операции. Вы также можете использовать коллекции или массивы для этого.

Зачем указывать тип объекта в конце?

Метод fromJson десериализует JSON, прочитанный из Reader'а (в данном случае из строки) в объект класса, указанного вторым аргументом.
Ссылочка на спек класса
https://www.javadoc.io/doc/com.google.code.gson/gs...

Написать простенький API, запросы на который будет слать клиентское приложение, ну и соответственно обрабатывать все запросы на защищенном сервере, с него же и делать sql запросы, но уж никак не хранить данные для аутентификации БД прям в коде...

el.innerHTML += 'строка', не el.innerHTML = 'строка'

сhmod - не стандартная фтп команда, потому ее поддержка зависит исключительно от желания разработчиков фтп сервера. судя по "метод не поддерживается" - у вас как-раз ситуация когда ее не реализовали.

посмотреть список доступных комманд можно через help. Например, для файлзиллы:

Command:	help
Response:	214-The following commands are recognized:
Response:	   ABOR   ADAT   ALLO   APPE   AUTH   CDUP   CLNT   CWD 
Response:	   DELE   EPRT   EPSV   FEAT   HASH   HELP   LIST   MDTM
Response:	   MFMT   MKD    MLSD   MLST   MODE   NLST   NOOP   NOP 
Response:	   OPTS   PASS   PASV   PBSZ   PORT   PROT   PWD    QUIT
Response:	   REST   RETR   RMD    RNFR   RNTO   SITE   SIZE   STOR
Response:	   STRU   SYST   TYPE   USER   XCUP   XCWD   XMKD   XPWD
Response:	   XRMD
Response:	214 Have a nice day.

Ну и в таком случае - никак вы не поменяете т.к. фтп сервер не умеет такое делать. Поиск других нугет пакетов с другими клиентами не поможет т.к. причина - то, как сам фтп сервер реализует протокол.

UPD: судя по RFC1123 - ожидаемая комманда должна быть SITE CHMOD 777 FILENAME, остальные варианты - шаг в сторону от стандарта