Вы похоже путаете понятие блокировки.
Есть файловая блокировка - на уровне системы блокируется доступ к файлу.
Есть блокировка 1с - при подключении клиента в папке базы создается файл блокировки. И остальные клиенты согласуют запись в базу.
Банальная внутрення блокировка, не имеющая никакого отношения к блокировке файла. Файл остается незаблокированным, и вы разумеется можете попортить его сторонним приложением запущенным на линуксе.
А вот веб клиент, как и другой штатный клиент будут корректно работать.
В общем не лезьте на линуксе сторонними приложениями к файлу базы и все будет хорошо.