Ну или, может, какие-то другие варианты есть?
Есть. Использовать каждую СУБД по назначению и не пытаться запихнуть реляционные данные в документную БД.
А вообще, наверное стоит просто для независимых сущностей генерировать новые ObjectId, и протаскивать их во все зависимые сущности вместо соответствующих id. Ну т.е. не нужно пытаться решать задачу в лоб, пытаясь сконвертировать один id в другой, вам нужно сконвертировать СВЯЗЬ, а не id. Чтобы сконвертировать связь, вам не нужен оригинальный id, вам важно соединить с помощью нового ObjectId те же самые сущности, что были соединены в реляционной базе оригинальным id.