как раз тим лидов в проекте может быть больше одного. или вы в рамках одно проекта предложите java гуру тимлидство заодно и среди матёрых гну/линукс администраторов?
Галочка «недоступен по url://site/manager» не убивает процесс ispmgr. Он по-прежнему продолжает что-то делать на сервере. Галочка просто убирает из конфигов проксирование site/manager на ispmgr. Поэтому ващ способ ну никак не поможет.
Можно даже конфиг наваять, со списком пользователей: приложений: портов, чтобы скрипт в /etc/init.d/ его парсил и запускал все необходимые сессии. Тогда вообще конфетка будет.
Проблемы с ксеном в винде под hvm режимом? Если да, то там нужно паравиртуальные дрова gplpv в винду ставить, тогда всё будет. А в линуксах всё и так прекрасно тянет (вы же диск виртуалки на lvm томе размещали, я надеюсь).