Ну плагин вы такой навряд ли найдёте. Задача довольно специфичная. А вот наваять однострок под это дело очень просто:
grep -vf exceptions.txt base.txt | sort -u
выведет вам очищенный base.txt без дублей.
если вам нужно сохранить его обратно в base.txt, но не стоит добавлять > base.txt в конце, нужно действовать через временный файл:
grep -vf exceptions.txt base.txt | sort -u > base.tmp ; mv base.tmp base.txt
Хотя из условия не очень понятно, нужно ли от одинаковых вхождений очищать ещё и exceptions.txt. Если нужно, тогда логика поменяется.