1. Продумать архитектуру (да, именно это слово) и методику разработки на ноутбуке.
Не засирать систему разнообразным ПО, а использовать инструменты управления, будь то Docker, системы виртуализации или еще что- нибудь на ваш вкус.
2. Переустановить систему с нуля. Версию ОС можете сами выбрать.
3. Придерживаться выбранной методики
Тогда у вас ОС не будет засоряться различными версиями используемого ПО и не будет никаких конфликтов библиотек.