А потом какойто малограмотный пользователь "ой, я что-то нажала и все пропало" и удалит все файлы.
Как минимум схема должна быть примерно такой:
Личные папки пользователей - полный доступ только для пользователя чья папка
Общая папка - чисто для обмена, должна автоматически чиститься раз в день или неделю
Папки отделов - для хранения инфы отделов/подразделений. С жестким разграничением - рядовой продажник не должен попасть в доки бухгалтерии или высшего админ персонала
Ну тд исходя из бизнес процессов компании
Насчет паролей - или вводить в AD или делать на файловом сервере пользователей с такими же логин/паролями как на их рабочих компах - тогда у пользвотеля паролей не будет спрашивать и разграничения будут работать