Делал лет 7 назад нечто подобное. Сразу скажу, что в интернет-магазине было очень мало заказов, и обмен данными был только в направлении 1C->магазин. Я тогда только начинал программировать, все писал сам вручную. В 1С была сделана специальная кнопка (пришлось напрячь 1С-программиста), которая генерировала csv-файл с нужными мне данными. Главные поля были такие: артикул (т.е. уникальный ID товара), наименование, цена, кол-во. Далее этот файл загружался на сайт магазина. У меня для этого было специальное десктопное приложение, но это не столь важно. Как таковой первоначальной загрузки данных не было. Просто каждый раз весь csv файл обрабатывался построчно. Если такой артикул уже есть в системе, тогда просто обновляем существующую запись (цену и кол-во), если нет — добавляем новую запись. Магазин в принципе мог работать сразу после загрузки этого csv-файла. Т.е. в интернет-магазине была актуальная цена и наличие товара. Просто потом я шел в админку магазина и добавлял описания и картинки для товаров. Сначала пришлось попариться, ну а потом новые товары добавлялись не так часто. Обработка заказа после телефонного звонка уже происходила в 1С, так что нужды в обратной передаче данных как-бы и не было. Просто на следующий день (а можно и в тот же) данные опять выгружались из 1С в магазин.