Мария, подскажЕте.
Очевидно нужно было попросить ваш редактор не менять окончания строк.
Либо определиться какие окончания использовать и не менять их.
Собственно вы сами ответили своим скрином, на котором открыт редактор для сообщения коммита. Только вы похоже подумали что это командная строка и вводите какие-то заклинания. А надо было просто дописать текст и выйти из редактора.
marrrr, папкой проекта считается та папка, в которой вы создали репозиторий. И эти файлы там есть, раз гит говорит что они есть. Он не может видеть родительские папки.
cester, резюмируя проблему — ничего он не удаляет, это вы просто не закончили процесс rebase и поэтому видите в рабочем каталоге промежуточное состояние проекта.