Собственно вы сами ответили своим скрином, на котором открыт редактор для сообщения коммита. Только вы похоже подумали что это командная строка и вводите какие-то заклинания. А надо было просто дописать текст и выйти из редактора.
marrrr, папкой проекта считается та папка, в которой вы создали репозиторий. И эти файлы там есть, раз гит говорит что они есть. Он не может видеть родительские папки.
cester, резюмируя проблему — ничего он не удаляет, это вы просто не закончили процесс rebase и поэтому видите в рабочем каталоге промежуточное состояние проекта.
Илья Ватрушка, логин и пароль прописываются при первой попытке доступа. Ваша проблема, что вы ввели неправильные данные и они сохранились. В таких случаях нужно просто отменить неправильную авторизацию. Например так:
SagePtr, совершенно бесполезные манипуляции. Вы забыли ещё указать, что новую ветку придётся начать с нужного места и уже туда черипикать. А какой в этом смысл, если цепочка коммитов уже создана? Нужно просто указатели веток расставить правильно.