Подозреваю, что нужно понять как именно работает rebase.
При выполнении
git rebase master, git сделает так:
- найдет начало текущей ветки
git checkout master
- в цикле будет применять по одному коммиту от начала текущей ветки, до крайнего. Если будет конфликт, процесс встанет, гит предложит разрешить конфликт, и далее позволит продолжить.
Это примерное поведение при rebase.
В вашем же случае, подозреваю, есть конфликты, поэтому гит не доходит до тех коммитов, где появились нужные вам файлы. Если конфликт разрешить и сделать
git rebase --continue процесс продолжится.
Сам по себе rebase удаления каких либо файлов не подразумевает, только применение коммитов.
А так верно заметили, что rebase уже опубликованной ветки делать не стоит.
