В
git init --help
говорится следующее:
DESCRIPTION
This command creates an empty Git repository - basically a .git directory with
subdirectories for objects, refs/heads, refs/tags, and template files. An initial HEAD
file that references the HEAD of the master branch is also created.
Так что, на свой страх и риск, можете попробовать выполнить следующие команды:
mkdir .git
echo "ref: refs/heads/master" > .git/HEAD
mkdir .git/objects
mkdir .git/refs
mkdir .git/refs/heads
mkdir .git/refs/tags
Хотя лучше просто скопировать папку:
git init repo
scp -r repo user@host:/path/to/repo