Как отказаться от закомиченных файлов?

Петр, если ошибка в самом свежем коммите, то reset точно помогает. И неважно, сделан он через консоль или мышкой в PhpStorm.
Отменяем коммит и создаём снова правильно.
Судя по выводу status, вы ресет не сделали.

Бесплатный аналог гитхаба, но чтоб мой проект не был виден всем. Есть такое?

После того, как Microsoft их купил, вопрос потерял актуальность. Теперь приватные репозитории бесплатны.

Почему git перестал запускаться из командной строки, запускается только через git-bush?

Куст-мерзавец ))
Может Git-bash?

Нужно ли запрещать git push origin master -f на уровне репозитория?

Но у revert тоже есть свои грабли. Если вы позже попробуете повторно слить тематическую ветку в master, то обнаружите, что правки сделанные до предыдущего отменённого слияния не применились, так как revert-коммит, который сейчас в master, отменит их тоже. Перед повторным merge придётся повторно создать revert-коммит уже для того первого revert-коммита.

Либо сразу пересадить тематическую ветку на вершину master, тогда проблемы не будет

git switch feature # перейти в тематическую ветку
git rebase master # пересобрать ветку на базе актуального master 
git push --force # перезаписать тематическую ветку на сервере

Сам Линус Торвальдс написал небольшую инструкцию на эту тему.

Как существующий репозиторий залить в новый?

даже лучше git push github --all — отправить все ветки

Как откатываться к самому первому коммиту?

Какая цель подобного отката?

Как выйти из github в git bash windows?

Это к авторизации вообще никак не относится.

Как отменить игнорирование файла gitignore?

А если есть несколько файлов с таким именем, а нужно добавить только один?

Как подключиться к удаленному репозиторию?

И спросить пароль ключа у создателей

Как скопировать существующий репозиторий в новый?

Третий шаг выдаст ошибку — origin уже существует

Инверсия игнорирования в .gitignore?

toxa82, интересная задача. Дополнил свой ответ, вроде только так работает правильно.

Какой клиент Git поддерживает работу по ssh?

Любой клиент работает по ssh и по https

Почему не видно мои правки?

Произвольная фраза не становится вопросом если добавить в конце знак вопроса. Почему ленитесь формулировать вопрос?

Почему Git не видит файлы последнего коммита?

Алексей Ярков, можно подробнее? Если файлы не были добавлены в индекс, то как они видны на битбакете тогда?

Инверсия игнорирования в .gitignore?

admin/
admin/*
admin/**
Эти записи эквивалентны. Проверяется только начало пути и игнорятся все подпапки.
Двойные ** имеют смысл только перед названием.

Удаление зафиксированных в git файлов?

Евгений Вольф, зачем filter-branch если файлы ещё даже не закоммичены?
Тут надо было просто unstage сделать.

Удаление зафиксированных в git файлов?

Alex_87,
new file — файлы, которых нет в репозитории и они индексированы.
modified — изменённые файлы, которые уже есть в репозитории и индексированы.
untracked — файлы которые не индексированы и их нет в репозитории.

Судя по картинке, вы успешно сделали unstage папки node_modules

Как скачать файл с Github только один раз и затем игнорировать изменения в нём?

Ярослав Иванов, не будет игнорироваться если уже загружен в репозиторий. Неважно как, локальным коммитом, или коммитом через веб-интерфейс.

Как восстановить данные после reset hard commit?

Можно просто Евгений, вы ветку создали, а переключиться на неё забыли.

Почему PHPStorm GIT вместо названия ветки показывает какой-то идентификатор, и как это исправить?

Зачем вы оторвали голову?