Вот несколько фактов, которые помогут понять как работает Git.

• Файл .gitignore предназначен для описания того, что мы не хотим СЛУЧАЙНО добавить в репозиторий. Либо не хотим случайно удалить переключив ветку.
  
• Мы можем ПРИНУДИТЕЛЬНО добавить в репозиторий ЛЮБОЙ файл, даже если он описан в .gitignore.
  
• Добавление файла в .gitignore не удалит сам файл из репозитория. Если файл УЖЕ в репозитории, то он продолжит отслеживаться, независимо от наличия .gitignore.
  
• Если больше не хотим отслеживать какой-то файл, то просто удаляем его из репозитория. Ключ --cached позволит оставить файл в рабочем каталоге текущего репозитория если он нужен.
  

git rm --cached -- '.DS_Store'
git commit

Но последний рецепт сработает только на одном компьютере. Если коллеги переключатся на этот коммит, то файл удалится у них из рабочего каталога.

Там в меню вашей IDE есть ещё несколько методов откатить изменения.
Это же JetBrains? Все способы подробно описаны в справке, например вот как в IntelliJ IDEA

Reset удаляет все коммиты выше выбранного. Там предлагается четыре варианта этой команды. Отличия их в том, как поступить с изменениями в рабочем каталоге и в индексе.

Revert не удаляет коммит, а создаёт новый, который описывает действия необходимые для отмены выбранного коммита.

Undo позволяет отменить последний коммит. Но изменения коммита предлагает сохранить в новый changelist. Файлы в рабочем каталоге не изменятся и можно будет их подправить и заново закоммитить.

Drop — удобная команда для удаления произвольного коммита из середины истории. Под капотом там на самом деле выполняется интерактивный rebase, но в автоматическом режиме.

Revert Selected Changes напоминает Revert, но отменяет изменения отдельного файла, а не всего коммита. Эта команда доступна на Панели изменённых файлов.

Get позволяет вернуть любой файл к состоянию на определённый коммит в истории. Выберем файл любым удобным способом и контекстное меню Git | Show History покажет все коммиты, в которых изменялся данный файл. Кликнув на нужном коммите правой кнопкой увидим команду Get

Не нужно ничего удалять для доработки задачи! Просто вернитесь в свою тематическую ветку. Добавьте новые коммиты с исправлениями и отправьте их на гитхаб. Pull Request обновится автоматически.

Аналогично если на Code Review будут замечания, то вы их просто исправляете локально в той же тематической ветке и пушите. Доработки сразу попадут в Pull Request.

Эти папки у вас существуют только в рабочем каталоге и их нет в репозитории, потому что гит отслеживает только файлы. Невозможно закоммитить пустой каталог. Каталоги фигурируют лишь как часть полного пути к файлам.

Если вам нужно непременно сохранить структуру каталогов, то поместите в них любой файл. Стандартная практика — создавать пустой файл с именем .gitkeep

Git хочет показать вам более одного экрана с информацией, для этого он вызывает стандартную программу пейджера Unix less. Просто введите q, чтобы вернуться в терминал, когда вы больше не хотите перемещаться по выходным данным.

j перейти на одну строку вниз
k переместиться на одну строку вверх
space перейти на одну страницу вниз
b перейти на одну страницу вверх
h показать помощь
/ поиск вперёд
? поиск назад

Если вы не хотите less, просто замените его другим пейджером в конфигурации. Если вам вообще не нужен пейджер, просто используйте cat:

git config --global --add core.pager cat