Как сводить воедино разные ветки разработки?

Андрей, вы правильно мыслите.
Первая ветка для отслеживания продукта от разработчика.
Вторая ветка с вашими доработками начинается всегда от вершины первой.

Когда вам присылают обновление, вы переключаетесь в первую ветку и отслеживаете там изменения в виде коммита.
Затем вашу ветку с доработками пересаживаете поверх обновлённой главной ветки через rebase

Мы так обновляли у себя ИРБИС64. Там разработчики вообще не пользуются никакими VCS и пишут на Delphi5 до сих пор, а я с помощью гита находил в итоге косяки в их обновах.

Как перебазировать разросшуюся ветку в git?

При чём тут merges если нет ни одного слияния?

Как узнать какой global user.name и global user.email и как переключиться на старом акаунте гитхаба?

Это два никак не связанных вопроса.
Как узнать каким именем подписываются коммиты?
Как поменять авторизацию на GitHub?

На первый вопрос вам дали ответ.
Ответ на второй поищите тут, уже много раз отвечали.

Как разделить ветки?

Андрей Иванов, тогда «если» замените на «когда».

Git Flow, как обновить локальную ветку?

Всё верно

Будет ли конфликт в Pull Request?

Вадим, первую команду запускаете находясь в личной ветке. Она эквивалентна

git fetch origin # скачать  всё
git merge origin/develop # влить в личную ветку из develop

Вторая команда у вас лишняя, эту операцию уже проделал pull

Будет ли конфликт в Pull Request?

Определитесь, вы отправляете в develop через Pull Request, или сразу мержите локально, как вы написали. Одно из двух обычно.

Для добавления в gitignor можно дописать нужные папки и сделать еще один коммит, так получится убрать их с гита?

anriko, если не пушил, то просто поправь коммит, убери из него файлы.

Github: Один локальный репозиторий на два удаленных?

Выделенная ветка под build и отправлять только её?

Как сменить пользователя в консоли git?

И что там искать?

Как сменить пользователя в консоли git?

Не надо дубли вопросов создавать

Как сменить пользователя для доступа в GitHub?

Авторизация хранится не в конфигах.

Сannot run hooks/post-receive: No such file or directory?

А если заменить на #!/bin/sh?
Может там другая оболочка вместо bash.

Как и где хранить общие файлы?

Не называйте подмодули субмодулями, язык сломается ))

Как правильно делать пул реквест?

qwermus, git clone был сделан в пустую папку?

Как организовать совместную разработку нескольких проектов в git?

Antonio Solo, ну вот если следовать примерам из блога GitHub, в корне проекта кидаем некий скрипт для распаковки из репозитория в рабочий каталог нужного комплекта модулей. В зависимости от параметров, скрипт создаёт нужную конфигурацию.
Нет нужды держать копии самого репозитория.

Как отправить инициализированный локально репозиторий Git в свой аккаунт на Git-хостинге?

Black_Fire, можно. Но это дополнительные инструменты командной строки, заточенные под конкретный хостинг. Нет смысла встраивать их в ядро Git.

Как посмотреть, если все проекты, у которых есть репозиторий на github запушены?

Сергей Бурдужа, так там даже не закоммичено. Читайте внимательно.

Можно как то одной командой полностью переписать ветку другой с удаленного репозитория?

Ничего не изменится в мастере

Как сделать clone git с закрытого проекта (проект мой)?

ArtJH, если ввел пароль неправильно, то удали авторизацию и повтори заново.

Но в ошибке речь не про пароли, а ключи. Надо заново создать пару и прописать открытый на сервере.