Antonio Solo, ну вот если следовать примерам из блога GitHub, в корне проекта кидаем некий скрипт для распаковки из репозитория в рабочий каталог нужного комплекта модулей. В зависимости от параметров, скрипт создаёт нужную конфигурацию.
Нет нужды держать копии самого репозитория.
А почему множественные репозитории, а не множественные рабочие каталоги?
Продукт дистрибуции же конечный продукт, собранный из выбранных модулей и лежащий в папке.
А ваши множественные репозитории всё равно содержат в себе все модули и фактически одинаковы.