Antonio Solo, ну вот если следовать примерам из блога GitHub, в корне проекта кидаем некий скрипт для распаковки из репозитория в рабочий каталог нужного комплекта модулей. В зависимости от параметров, скрипт создаёт нужную конфигурацию.
Нет нужды держать копии самого репозитория.